Найдена причина:
Пересылка U2F внутри Google использует внутреннюю хост-библиотеку Google и клиентское расширение Chrome, которые недоступны для общественности. Мы работаем над стандартизированным потоком пересылки U2F для всех пользователей, но он не будет доступен в ближайшем будущем.
https://bugs.chromium.org/p/chromium/issues/detail?id=1172509#c3
Проклятые проприетарщики!
Проблема в том что чтоб я ни делал,. Chromium при попытке создать ключ этот ключ не видит и генерирует ошибку.
На винде ключ работает.
Update:
Вот тут пишут что проблема решается отключением профиля AppArmor, но я думаю что это слишком радикальное решение проблемы, может кто знает что именно надо поправить в профиле?
It seems to be related to the apparmor profile for chrome coming with package apparmor-profiles. After
aa-disable usr.bin.chromium-browser
things work as normal.