К сожалению pacman не умеет проверять соответствие уже созданных каталогов и симлинков тем, что должны быть созданы при установке системы и при отдаче команды
pacman -r "/mnt" --cachedir="/mnt/var/cache/pacman/pkg" -Sy base
выдаёт ошибки вида
filesystem: /mnt/bin exists in filesystem
Это приводит к невозможности установки ArchLinux на заранее созданные файловые системы.